Ulisse Aldrovandi dispose per testamento che il museo e l'intero patrimonio scientifico accumulato nel corso della propria vita andassero in eredità al Senato di Bologna. Nel 1617 il museo ricevette collocazione in sei stanze del Palazzo Pubblico (l'attuale Municipio) ove rimase fino al 1742, quando ne venne disposto il trasferimento nei locali dell'istituto delle Scienze di Palazzo Poggi. Nel corso dell'Ottocento la collezione viene smembrata e distribuita tra musei e biblioteche non solo cittadini e nel 1907 una parte dei reperti fu riunita nell'ambiente attuale. Il percorso virtuale espone solo una parte degli oggetti conservati nel museo.